از آنجایی که ارزش زمین بخش اعظم هزینه تمام شده خانه را به خود اختصاص می‌دهد، طرح مسکن مهر هم بر مبنای اجاره بلند‌مدت زمین برای احداث و ساخت خانه در نظر گرفته شد. اما با آغاز اجرای این طرح موانع و مشکلاتی از قبیل توقف پرداخت وام توسط بانک‌های دولتی به وجود آمد که باعث شد در مقاطع زمانی مختلف ساخت خانه‌ها با سرعت بسیار کمتری پیش رود و یا متوقف شود. همچنین اجرای این پروژه باعث شد مشکلات زیادی در عرصه‌های مختلف از قبیل برنامه‌ریزی‌های توسعه شهری، اقتصاد ملی و مدیریت شهری به وجود بیاید که به عقیده مخالفان اجرای این طرح صدمات جبران‌ناپذیری برای اقتصاد کشور به همراه داشته است. تا جایی که در شهریور ماه 1386 گزارشی توسط وزارت مسکن از وضعیت آشفته بازار مسکن منتشر شد که براساس آن اوج افزایش قیمت در بازار مسکن در زمستان 1387 به وجود آمد که قیمت‌ها حدود 47 درصد نسبت به زمستان قبل بالا رفت و به عقیده کارشناسان این میزان تورم در بازار مسکن به دلیل تزریق نقدینگی و سیاست‌های انقباضی غلط دولتی بود. شاید بتوان گفت طرح مسکن مهر بزرگ‌ترین طرح زیربنایی بود که مدنظر دولت نهم و دهم قرار داشت و قرار بود تا پایان دولت دهم به اتمام برسد ولی از آنجایی که دولت قبل نتوانست به وعده‌هایش عمل کند ادامه بار سنگین تکمیل این پروژه بر دوش دولت یازدهم گذاشته شد. پس از روی کار آمدن دولت یازدهم مسوولین وزارت راه و شهرسازی وعده دادند که این پروژه طبق وعده دولت گذشته تکمیل و به متقاضیان تحویل داده شود. تا امروز از دو میلیون و 300 هزار واحد مسکونی که به مرحله‌ی تنظیم قرارداد رسیده‌اند یک میلیون و 745 هزار واحد افتتاح شده‌اند که به گفته قائم مقام وزیر راه و شهرسازی در امور مسکن مهر 557 هزار واحد دیگر نیز برای افتتاح در دست پیگیری قرار دارند. به گفته احمد اصغری مهرآبادی در حال حاضر 64 هزار واحد مسکن مهر آماده تحویل به متقاضیان هستند. طبق وعده گذشته مسوولین وزارت راه و شهرسازی قرار بود پرونده مسکن مهر تا پایان سال 1394 بسته شود، اما طبق آخرین اظهارات قائم مقام وزیر راه و شهرسازی قرار است تا پایان خرداد‌ماه 64 هزار واحد دیگر به بهره‌برداری برسد و تا پایان سال جاری دو میلیون و 100 هزار واحد دیگر تکمیل و در حدود 10 درصد از پروژه‌ها به سال 1395 موکول شود.در واقع این روند بیانگر این است که تکمیل و تحویل این پروژه همچنان با مشکلات جدی روبه‌رو است.